Selepas itu, usaha menubuhkan parti politik menghadapi jalan buntu disebabkan oleh Pendaftar Pertubuhan (ROS) Maka gerakan Reformasi mengambil keputusan untuk mengambil alih sebuah parti kecil yang sedia ada iaitu Ikatan Masyarakat Islam Malaysia yang ditubuhkan pada 1990. Pelancaran Parti Keadilan Nasional diadakan pada 4 April 1999
Selepas Pilihan raya 1999, kesedaran timbul tentang keperluan Parti Keadilan Nasional dan PRM bergabung, berdasarkan komitmen mereka yang sama terhadap Reformasi, menentang ketidakadilan dan penyalahgunaan kuasa.
Pada 3 Ogos 2003 Keadilan dan PRM melancarkan Parti Keadilan Rakyat di Kuala Lumpur.
Pada waktu itu Pendaftar Penubuhan masih enggan meluluskan pendaftaran parti. Maka pada Pilihanraya Umum 2004, calon-calon PRM bertanding di atas platform Keadilan. Calon tunggal yang menang ialah Presiden Parti iaitu Datin Seri Dr. Wan Azizah di Permatang Pauh, Pulau Pinang. Selepas Pilihanraya Umum, akhirnya Parti Keadilan Rakyat diluluskan penubuhannya.
Parti Keadilan Rakyat mendapat suntikan baru selepas pembebasan Penasihat Parti, Datuk Seri Anwar Ibrahim yang didapati tidak bersalah daripada tuduhan jenayah pada 2 September 2004, selepas enam tahun di dalam tahanan dan penjara.
